Los comandos en Linux son $rm nombreDelAchivo o $mv nombreViejo nombreNuevo pero no están nada recomendados porque no haces foto de esos cambios y no puedes retroceder si te arrepientes.
Es recomendable que utilices el comando completo con git:
$ git mv nombreViejo nombreNuevo (Para renombrar)
$ git rm nombreDelArchivo (Para eliminar archivo)De esta manera, los cambios pasan directamente al staging (verde).
Eso te da oportunidad de volver hacia atrás y recuperarlo si te arrepientes.